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原位杂交仪中重组蛋白（Recombinant Protein），是指应用重组DNA或RNA技术，获得具有一定功能和活性的蛋白质。可通过体内和体外两种途径获得，两种方法均应用基因重组技术，获得连接有可以翻译成目的蛋白的基因片段的重组载体，然后将其转入可以表达目的蛋白的宿主细胞从而表达特定的重组蛋白分子。纯化的重组蛋白是信号转导分析、分析方法开发和药物研发的重要工具。

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蛋白酵母表达系统兼具部分原核蛋白表达特征（培养条件简单、生长速度快、表达水平高、操作简便）和部分真核蛋白表达特征（蛋白翻译后能进行正确加工、修饰，合理的空间折叠）。重组蛋白酵母表达系统的优势主要表现在以下几个方面：重组蛋白既可以分泌形式又可以非分泌形式在酵母系统中表达，且能高水平表达，达到5g/L；外源蛋白基因可以以整合的方式插入到酵母染色体上，随染色体复制而不会丢失；酵母具有真核生物的亚细胞结构，具有糖基化、脂肪酰化、蛋白磷酸化等翻译后修饰加工功能，适合活性蛋白表达；容易实现超高密度发酵，卡梅德生物能同时为客户提供多种规格的蛋白酵母发酵规模。

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全自动原位杂交仪中的噬菌体展示技术为全人源治疗性抗体的研发提供了基础，拓展了定向进化技术在抗体多肽改造筛选方面的应用，对抗体药物的研制具有重要意义。荧光原位杂交仪噬菌体展示系统：M13单链丝状噬菌体展示系统是目前应用广泛的文库展示系统，通过将蛋白、抗体或多肽与噬菌体pIII蛋白融合表达，使之参与噬菌体组装，并展示在噬菌体表面，形成噬菌体展示文库。

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扫描文库是指通过定点诱变，将客户指定区域内的某些残基依次替换为一个指定的残基。丙氨酸和半胱氨酸扫描是两个常用的扫描库。随机突变文库将允许您在用户定义的小区域（即200bp-1500bp 内的ORF 区域）中创建随机氨基酸替换。然后可以表达这些蛋白质并分析其功能以确定蛋白质工程研究中的有益替代。通过将不同的遗传元件进行多种组合，科学家可以创建一个突变体库，帮助他们找到有利的组合。Gene Universal 提供传统的部分随机 (NNK/NNS) 和完全随机 (NNN) 突变文库服务。

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通过各种方式获得目标抗体后，在某些情况下，为了方便对抗原进行观察和检测，通常会选择利用一些易测定又具有高度敏感性的物质作为标记物标记抗体，通过检测这些标记物的增强放大效应而产生的颜色变化、光谱变化等来显示或定量反应系统中抗原或抗体的性质与含量。利用抗体的组成物氨基酸的特殊理化性质，在特定的条件下使抗体与标记物结合，形成抗体标记物。抗体标记主要用于抗原的定位分析，能通过标记物的增强放大效应提高检测灵敏度，是一种快速价廉的定量测定方法。

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为了溶液中抗原抗体亲和力检测的亲和常数的真实性，全自动原位杂交仪必须严格要求实验条件以避免亲和值偏差低估十倍。首先，使用单价抗体片段（Fab 或 scFv），可以调整二价片段的数学计算，但前提是抗原每个分子包含单个结合位点。然而，随着抗体工程的出现，现在很容易在大肠杆菌中产生这样的片段。其次，为了准确测量游离抗体浓度，ELISA不应显著改变液相平衡。这需要进行初步实验以确定正确的实验条件。后，建议使用曲线拟合程序来避免方程线性化引入的偏差，例如Scatchard 变换。